赤湾站为深圳地铁2号线与5号线的一个转乘站兼终点站，位于中华人民共和国广东省深圳市南山区疏港路西侧，赤湾山和小南山之间的赤湾片区，赤湾六路和港航路北侧的仓储地块内，设置在垂直于港航路北侧的规划路地下，车站主体呈东南至西北向布置。5号线车站位于2号线车站西侧，与2号线车站设有三条短通道连接，其中一条为付费区通道。